检查精子畸形率高却怀孕了，通常是指精液参数中，精液的畸形率高但仍然可以正常生育，此时有可能是由于射精方式不当、精索静脉曲张、内分泌异常、不良生活习惯等因素导致。
1、射精方式不当：正常男性在阴茎勃起后会有正常精液流出，如果射精时选择蹲位，可能会导致精液在阴茎冠状沟和阴茎头之间发生回缩，导致精液畸形率高，但仍然可以生育。建议在性生活时应避免选择过快、过猛的方式，如果无法避免，可以使用安全套等进行保护;
2、精索静脉曲张：当患有精索静脉曲张时，可能会因曲张的精索内静脉影响精液质量，导致精子畸形率高，但仍然可以生育。建议进行精索静脉彩超检查，明确诊断。对于轻度的精索静脉曲张患者，可以使用迈之灵片、地奥司明片等药物进行治疗。对于重度的精索静脉曲张患者，可以通过手术将精索静脉高位结扎，或者腹腔镜下精索静脉高位结扎手术;
3、内分泌异常：男性体内激素水平对精子的生成具有重要作用，当体内雄激素缺乏时，可能会导致精子数量减少、活力降低，畸形率高，但仍然可以生育。建议抽血检查性激素水平，并针对性地补充雌激素和孕激素，如十一酸睾酮软胶囊;
4、不良生活习惯：如果男性长期大量吸烟、饮酒、熬夜等，也会导致精子畸形率高却怀孕了。此时建议戒烟戒酒，养成良好的作息习惯，通常一段时间后可以生育。
对于精液异常且无法正常生育的患者，应及时就医治疗，明确病因后进行相应处理。日常生活中应注意适当运动，避免长期熬夜。
