革兰阴性杆菌和革兰阳性杆菌在很多方面都不相同，比如细胞壁结构、染色显示、种类、症状、疾病、治疗药物等；其主要表现在细胞壁的组成不同。标本用革兰染色后上述二种细菌出现不同的外观，革兰阴性杆菌是红色的；革兰阳性杆菌是蓝色或者紫色的；相对而言，革兰阴性杆菌细胞壁更强大。
1、细胞壁结构：革兰阴性杆菌细胞壁主要是肽聚糖、脂蛋白及磷脂。革兰阳性杆菌细胞壁主要是肽聚糖、磷酸盐等。
2、染色显示：革兰阴性杆菌是红色的；革兰阳性杆菌是蓝色或者紫色的。
3、种类：革兰阴性杆菌有肺炎杆菌、痢疾杆菌和大肠杆菌等。革兰染色阳性杆菌有炭疽杆菌、白喉杆菌、破伤风杆菌等。
4、症状：革兰阳性杆菌感染通常发病比较急，急起高热，伴有化脓性感染。革兰阴性杆菌也有发热，有可能有皮肤坏疽、腹泻、呕吐等症状。
5、疾病：革兰阴性杆菌感染可以引起肺炎、痢疾、肠炎等；革兰阳性杆菌感染可以引起皮肤坏疽、白喉、破伤风等。
6、治疗药物：革兰阴性杆菌一般对青霉素、链霉素、四环素敏感；革兰阳性菌通常对青霉素、头孢呋辛酯、阿莫西林等抗生素敏感。
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