肠镜检查是一项相对安全，技术相对成熟的检查，对身体一般没有伤害，少数做肠镜检查会发生水电解质失衡、麻药过敏、肠壁穿孔、肠道出血等并发症，发生率较低。具体如下：
1、水电解质失衡：在做肠镜检查之前一般需要用导泻药做肠道的清洁准备工作，期间要禁食禁水，在禁食禁水过程中，可能会导致营养流失，可能会引起水电解质紊乱的情况。
2、麻药过敏：如果患者对疼痛的耐受力较弱，在做肠镜之前可以提前注射麻药，以减轻检查过程中的疼痛感。如果患者存在对麻药中成分过敏的情况，可能会影响到正常的呼吸，出现麻药过敏的情况。
3、肠壁穿孔：如果医护人员操作不当，可能会损伤肠壁部位，甚至还有可能会出现穿孔的情况。
4、肠道出血：患者做完肠镜以后，不注意局部的护理，可能会使肠道器官受到细菌感染，甚至还有可能会发生糜烂出现出血的现象。
此外，还有可能会出现肠壁撕裂、肠系膜栓塞、脾破裂、麻痹性肠梗阻和心脑血管意等并发症。肠镜检查是一种侵入性操作，检查前医生会和患者及家属沟通交代检查的必要性、适应症、禁忌症等，以及术前和术后及术中可能出现的并发症及可替代的方案。总之，肠镜检查的安全系数比较高，发生并发症的概率比较低，一般无须过度担心。
