益生菌是指给予一定数量的活微生物，可以对宿主的健康有益，是临床上使用最广泛的微生态制剂。2017年版《益生菌儿科临床应用循证指南》指出，益生菌常用于胃肠道疾病、新生儿疾病、过敏性疾病等。益生菌是一种对抗菌药物敏感的活微生物，通常应避免与抗菌药物同时服用（芽孢杆菌制剂、酪酸梭菌和布拉氏酵母可与抗菌药物同时服用）。如果需要益生菌和抗菌药物，应增加益生菌剂量或错开用药时间，最好间隔2-3小时以上。
蒙脱石散为胃肠粘膜保护剂，能吸附胃肠道内的细菌，因此益生菌与胃肠粘膜保护剂之间的间隔至少为1小时。
同时服用益生菌、蒙脱石和抗菌药物时，可先服用抗菌药物杀灭病原体。1小时后服用蒙脱石散等吸附药物吸附和清除病原体，1小时后服用益生菌调节和恢复肠道菌群，发挥最大疗效。
此外，益生菌不能长期服用。长期使用或滥用会破坏儿童自身的益生菌群，导致肠道功能逐渐丧失自身繁殖有益菌的能力。
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