药流三个小时还没排出来可能是正常现象、对药物不敏感、胚胎较大、药物剂量小、时间短等原因，建议及时就医，在医生指导下给予相应的改善或治疗措施。具体如下：
1、正常现象：药物流产需要一定的时间，有的人在吃药之后半个小时可能将孕囊排出，但有的人可能需要十几个小时才能够将孕囊排，由于每个人的体质不同，排出孕囊的时间也是有所差异的，没有伴随其他异常状况，不用过于担心，可以先进行观察。
2、对药物不敏感：如果上药之后超过十几个小时一直没有排出孕囊，可能是对药物不敏感的原因，没有起到很好的作用，建议到正规医院进行检查，并且在医生指导下适当的加大药量，如果腹痛的症状比较明显，一般孕囊排出的几率较高。
3、胚胎较大：药流适用于停经49天以内的早孕，如果停经时间比较长，已经超过49天，由于孕囊发育较大，不容易排出，通常需要检查末次月经，如果停经的时间较长不见，建议盲目的药流，建议到正规医院通过清宫的方式处理。
4、药物剂量小：如果药物的剂量比较小，也有可能达不到较好的终止妊娠效果，通常可以在专业医师指导下适当的增加药量，有助于促进胚胎排出。
5、时间短：如果用药的时间比较短，也有可能会在短时间内排不出孕囊属于比较正常的一种现象，如果并没有伴随其他异常状况，可以耐心的等待，如果长时间仍然没有排出孕囊，建议到正规医院通过清宫的方式处理。
此外，也可能是用药不当等因素造成的，通常需要注意做好自身的防护工作，在用药时需要严格遵循医生指导。
