精子畸形率高，应该先到医院进行精液常规、尿常规、激素检测等相关检查，明确引起精子畸形的病因后，再进行针对性治疗。
一、一般治疗：
如果是不良的生活习惯，如抽烟、喝酒、熬夜等因素引起的精子畸形率高，应该调整生活习惯，戒烟、戒酒，避免熬夜，同时多进行体育锻炼，合理饮食，保持营养均衡，多吃富含锌、硒的食物，如牡蛎、生蚝等。
二、药物治疗：
1、抗感染药物：如果是泌尿生殖系统感染引起精子畸形率高，如前列腺炎、精囊炎等，应该在医生指导下服用敏感抗生素治疗，如左氧氟沙星片、阿莫西林胶囊等;
2、治疗精子的药物：如患有弱精症时，可服用生精胶囊、麒麟丸等药物治疗;对于患有少精症的患者，可以服用脉络舒通丸、生精片等药物治疗;
3、补充微量元素的药物：当体内缺乏锌、硒时，也会导致精子畸形率高，此时可以通过服用葡萄糖酸锌口服液、葡萄糖酸锌颗粒等药物补充微量元素;
4、提高精子活力的药物：当精子畸形率高时，还可以使用提高精子活力的药物，如盐酸左卡尼汀口服液、注射用硫辛酸等药物治疗。
三、手术治疗：
1、精索静脉曲张手术：由于先天性发育异常导致的精索静脉曲张，影响到睾丸部位的血液循环，对睾丸生精功能造成影响，导致精子畸形率高，可以考虑进行精索静脉曲张手术治疗;
2、经尿道前列腺电切术（TURP）：由于前列腺病变导致精子畸形率高，还可以通过经尿道前列腺电切术（TUIP）进行治疗。
除此之外，还可以通过针刺疗法、按摩理疗等方法治疗精子畸形率高的情况。
