月经第三天腰疼的厉害可能是受凉、腰肌劳损、盆腔炎、慢性宫颈炎、子宫内膜炎等原因所引起的，建议及时就医，在医生指导下给予相应的治疗措施。具体如下：
1、受凉：如果长时间待在寒冷和潮湿的环境当中，有可能会造成腰部的肌肉痉挛，也会出现腰部疼痛的症状，需要注意好保暖措施，外出时要及时的添加衣物。
2、腰肌劳损：如果在月经期间从事重体力的劳动，可能会增加腰部的负担，造成局部肌肉压迫，也会引起疼痛的症状，可以通过适当休息的方法改善，避免过度劳累，以免导致疼痛的症状加重。
3、盆腔炎：可能是盆腔部位受到病原菌感染所引起的，会导致盆腔组织受到损伤，诱发盆腔积液，也会伴随着腰部疼痛的症状。建议在医生指导下使用甲硝唑片、替硝唑片、盐酸左氧氟沙星胶囊等药物治疗。
4、慢性宫颈炎：可能是不注意个人卫生或者是细菌感染所引起的，会导致宫颈组织诱发充血和水肿，也会伴随着腰部放射性的疼痛。建议遵医嘱使用妇科千金片、阿莫西林胶囊、罗红霉素分散片等药物治疗。
5、子宫内膜炎：子宫内膜在受到炎症感染之后会诱发内膜充血和水肿，也会伴随着腰部疼痛和腹痛、阴道分泌物异常等，建议在医生指导下使用制霉菌素片、头孢克肟片、阿奇霉素分散片等药物治疗。
除此之外，还有可能是子宫内膜异位症等原因所导致的，建议到医院就诊。
