做肛窦炎手术2年还是疼的，考虑跟切口感染、切口未愈合、痔疮、肛窦病变复发、肛周脓肿等因素有关，建议及时就医，明确诊断后在医生的指导下给予针对性的药物治疗或手术治疗。
1、切口感染：若伤口一直没有恢复，细菌、病毒或其他病原体入侵后可能会导致切口感染，出现疼痛症状，可以在医生指导下使用抗感染类药物进行治疗，例如头孢克肟胶囊、阿莫西林胶囊、左氧氟沙星胶囊等，减轻炎症。
2、切口未愈合：原来切除的肛窦切口尚未完全愈合，恢复过程中进行剧烈运动，过度劳累可能会导致局部损伤加重，出现疼痛症状，需及时就医进行缝合治疗。
3、痔疮：肛周部位疼痛可能不是由肛窦炎手术引发，可能跟痔疮有关，若出现痔疮，排便过程中局部挤压，可能会出现疼痛、出血症状，一般可以遵医嘱使用痔疮止血颗粒、迈之灵片、地奥司明片等药物进行治疗。
4、肛窦病变复发：原来的肛窦病变已被切除，但别的地方的可能会出现肛窦炎性分泌物，刺激后出现疼痛症状，可以在医生指导下使用阿奇霉素胶囊、红霉素胶囊、左氧氟沙星胶囊等药物进行治疗。
5、肛周脓肿：出现肛窦炎或其他肛周疾病后没有及时治疗，炎性分泌物聚集，可能会诱发肛周脓肿，若脓肿较大，需及时就医进行切开引流术。
此外，也考虑跟肛裂有关。建议患者及时就医做相关诊治，以促进愈合。
