男孩的生殖器短小，多考虑是正常现象，但也可能是遗传因素、外伤、激素分泌不足、普拉德-威利综合征等原因导致的，可以根据引起的原因不同，在医生的指导下给予针对性的治疗。具体分析如下：
1、正常现象：年龄小的男孩生殖器官发育不成熟，体积较小，一般不会出现任何症状，这属于正常现象，不需要过分担心，一般不需要特殊治疗。
2、遗传因素：家族中有睾丸发育不良的人，其后代睾丸发育不良的概率较大，可能会出现睾丸过小、阴茎短小等症状。患者可以遵医嘱使用丙酸睾酮注射液、甲睾酮片等药物治疗。
3、外伤：平时不注意自身安全，阴茎受到大力撞击，产生炎症反应，可能会导致海绵体萎缩。可以遵医嘱服用阿莫西林颗粒、头孢克洛颗粒等抗生素药物，减轻炎症。
4、激素分泌不足：垂体促性腺激素分泌不足，可能会导致睾丸分泌的睾酮水平下降，出现生殖器短小症状。可以遵医嘱使用十一酸睾酮注射液、丙酸睾酮注射液等药物治疗。
5、普拉德-威利综合征：胚胎时期基因突变，可能会诱发普拉德-威利综合征，出现喂养困难、外生殖器发育不良等症状。可以遵医嘱使用注射用重组人生长激素、十一酸睾酮软胶囊等药物治疗。
此外，先天性睾丸发育不良或隐匿性阴茎等原因也有可能会导致该情况。如果出现生殖器体积小、排尿异常等症状，建议及时就医做相关排查，并在医生指导下给予相应的措施。
