灌肠选择药水与灌肠的目的有关，也就是通过灌肠需要治疗哪些疾病，由于疾病不同，所使用的药水也不同。临床常用的有甘油灌肠剂、复方聚乙二醇电解质散、美沙拉秦灌肠液、硫酸镁口服液等。灌肠是专业性操作，具体用药需遵医嘱。介绍如下：
1、甘油灌肠剂：甘油灌肠剂是润滑性泻药，其主要有效成分为甘油，经肛门灌注直肠给药后，由于甘油在直肠内不被吸收，而起到润滑并刺激肠壁的作用，可以软化大便，使粪便顺利排出，对于便秘的治疗较为有效。
2、复方聚乙二醇电解质散：通常是在做肠镜检查前用于肠道清洁使用，还可治疗功能性便秘。复方聚乙二醇电解质散具有高渗性作用，使肠道内的大便在口服这种药物之后溶解，经过药物的清除作用，能够达到清理肠道的目的。在做肠镜检查前通过肠道清洁，为更好的了解到肠道内有无病变情况。
3、美沙拉秦灌肠液：用于直肠、乙状结肠型溃疡性结肠炎急性发作期，可缓解腹泻、腹痛、便血等症状。美沙拉秦灌肠液通过抑制一些炎症介质的生物合成和释放，抑制血小板激活因子的活性，以及抑制结肠黏膜脂肪酸氧化，以改善结肠黏膜炎症。应用方法一般为直肠给药。
4、硫酸镁口服液：硫酸镁溶液经口服给药，不易被肠道吸收，停留在肠腔内，使肠内容积的渗透压升高，阻止肠内水分的吸收，同时将组织中的水分吸引到肠腔中，使肠内容积增大，对肠壁产生刺激，反射性地增加肠蠕动而起到导泻作用。一般用于导泻、利胆、十二指肠引流及局部消肿。
此外，灌肠还可能用到肥皂水、液体石蜡、生理氯化钠溶液、水合氯醛灌肠剂、中药大黄等。应用灌肠进行治疗或诊断时，应在医嘱使用相应药物，切勿自行擅用，以免导致脱水，破坏肠道内菌群等。
