为了找出和验证新冠肺炎疫情防控哪些中药有效，钟南山院士团队筛选了40多种中成药和中药方剂，为临床试验研究的发展奠定了重要的理论基础。在药物筛选过程中，研究人员证实，连花清瘟胶囊等中药能抑制2019-NCOV感染引起的细胞病变，抑制新型冠状病毒活性，降低病毒含量，显著抑制炎症因素的过度表达。本研究发表在药理学主流杂志Pharmacologicalresearch上。基于此发现，钟南山院士与张伯利院士、李兰娟院士等中西医临床专家合作，开展了前瞻性、随机性、对照性、全国多中心临床试验，治疗新型冠状病毒连花清瘟。考虑到疫情防控的紧迫性，本研究在全国20多家定点治疗新冠肺炎的医院进行。经过讨论，专家组决定采用有限条件下最客观、最随机、最平行的对照试验设计。
根据研究计划，选定的患者随机分为治疗小组和控制小组（常规治疗小组）。根据《新型冠状病毒诊疗计划（试行第四版）》，共收集了284例符合研究计划的病例。经专业第三方统计分析，试验数据显示，连花清瘟治疗组治疗14天后，主要临床症状(发热、乏力、咳嗽)的治愈率明显高于对照组，治疗第7天达到57.7%，治疗第10天达到80.3%，治疗第14天达到91.5%。发热、疲劳和咳嗽的持续时间也显著缩短。连花清瘟的治疗也能显著提高肺部CT影像学异常的改善率和整体临床治愈率。从降低转重患者比例来看，连花清瘟胶囊治疗组和对照组明显较低(连花清瘟治疗组:2.1%，对照组:4.2%)。但在本临床试验中，与对照组(常规治疗组)相比，连花清瘟胶囊在提高新冠肺炎核酸转阴率、缩短转阴时间方面表现出一定的优势，但差异尚未达到统计意义。上述系列发现表明，在常规治疗的基础上，口服连花清瘟胶囊14天可显著提高新冠肺炎发热、乏力、咳嗽等临床症状的改善率，显著改善肺部影像学病变，缩短症状持续时间，提高临床治愈率，抑制新冠肺炎病情恶化，安全性高。
该研究结果包括在植物医学领域（2020年中国科学院SCI期刊分区）杂志Phytomedicine上发表。它是国际期刊报道的第一项前瞻性、随机性、比较性和多中心临床研究，用于治疗新冠肺炎感染。钟南山院士的团队非常重视中医药的发展。疫情初期，他积极响应国家号召，带领全国多家医疗机构开展了严格设计的中医药筛选研究和临床应用讨论，组织了以连花清瘟胶囊为代表的随机对照临床试验。国际植物医学领域影响因素较高的杂志《植物医学》（Phytomedicine）连花清瘟胶囊治疗新冠肺炎的临床研究成果也得到了国际对中国新冠肺炎防控的认可和肯定，对促进中医药国际化具有重要意义。
