与第五版相比，新方案首先提到“在相对封闭的环境中长期暴露在高浓度气溶胶中，有可能通过气溶胶传播”。磷酸氯喹和抗流感药物阿比多尔被纳入治疗试用药物。此外，湖北省还取消了“临床诊断病例”的分类。
变化1：传播途径可能会增加气溶胶的传播
与第五版方案相比，新版方案将“通过呼吸道飞沫与接触传播是主要传播途径”改为“通过呼吸道飞沫与密切接触传播是主要传播途径”。添加“密切”一词。
此前，第五版提到气溶胶、消化道等传播途径尚未明确。
第六版将表述改为气溶胶在相对封闭的环境中长期暴露在高浓度气溶胶中的可能性。
变化2：重症患者可能有多器官衰竭
在临床表现部分，新方案提到，除了“急性呼吸窘迫综合征、脓毒症休克、难以纠正的代谢性酸中毒和凝血功能障碍”外，重症患者还可能出现“多器官衰竭”。
变化三：核酸检测取样建议尽量留痰
新方案中的“实验室检查”部分也发生了变化。此前，受取样方法的影响，核酸检测阳性率不高，部分患者多次取样后呈阳性。
为此，第六版新增：为提高核酸检测阳性率，建议尽可能留痰，气管插管患者采集下呼吸道分泌物，标本采集后尽快送检。
变化4：取消湖北省临床诊断病例
第五版在诊断标准部分首次区分了湖北省和中国其他省份。湖北省增加了额外的“临床诊断病例”（指具有肺炎影像学特征的疑似病例）。
第六版在诊断标准中取消了湖北省与湖北省以外其他省份的区别，统一分为“疑似病例”和“确诊病例”。
相应地，湖北省和其他省份不再区分病例的发现和报告，并采取国家统一标准。
变化五:磷酸氯喹和阿比多尔纳入治疗试用药物
在治疗方面，“目前还没有确认有效的抗新型冠状病毒治疗方法。”
在试用药物中，增加了两种药物:“磷酸氯喹(成人500毫克，每天2次)和阿比多尔(成人200毫克，每天3次)”。
到目前为止，已有5种试用药物写入诊疗方案，分别为：α-干扰素、洛匹那韦、利巴韦林、磷酸氯喹、阿比多尔。
根据新方案，试用药物的疗程不得超过10天。建议在临床应用中进一步评估试用药物的疗效。不建议同时使用3种或3种以上抗病毒药物。当出现不可耐受的毒副作用时，应停止使用相关药物。
变化六：血浆疗法规定更详细
第五版提到恢复期血浆治疗可以使用。第六版修改为“康复血浆治疗：适用于病情进展迅速、重症和危重症患者。使用量参照《新冠肺炎康复期血浆临床治疗方案》（试行第一版）。
变化7:建议患者出院后自我健康监测14天
此外，新版计划还增加了“出院后注意事项”部分。
第六版规划提到，指定医院应与患者居住地基层医疗机构联系，共享病历，及时将出院患者信息推送至患者辖区或居住地居委会和基层医疗卫生机构。
患者出院后，由于恢复期免疫功能低下，有感染其他病原体的风险，建议继续监测自身健康14天，戴口罩，有条件住在通风良好的单人房间，减少与家人密切接触，分餐，做好手卫生，避免外出活动。
建议出院后第2周、第4周到医院随访复诊。
