结肠炎的治疗药物选择需根据具体病情和病因来确定，没有一种药物可以绝对最好治愈。常用的且对结肠炎治疗有效的药物有磺胺类抗菌药、5-氨基水杨酸类药物、抗生素类药物、止泻类药物、激素类药物等。
1、磺胺类抗菌药：柳氮磺吡啶肠溶片可抑制引起炎症的前列腺素合成和炎症介质白三烯的形成，对肠壁炎症有显著消炎作用。
2、5-氨基水杨酸类药物：美沙拉嗪肠溶片主要成分为美沙拉嗪，对于结肠炎有较好的改善效果，适用于治疗溃疡性结肠炎。
3、抗生素类药物：左氧氟沙星片对于由细菌感染引起的结肠炎，可以抑制细菌DNA旋转酶的活性，阻碍细菌DNA的复制而达到抗菌作用。氨苄西林胶囊为广谱半合成青霉素，能抑制细菌细胞壁的合成，达到抗菌作用，可用于治疗由胃肠道感染引起的结肠炎。
4、止泻类药物：蒙脱石散对于结肠炎患者出现的腹泻症状，可以使用蒙脱石散进行缓解。
5、激素类药物：如醋酸氢化可的松片、醋酸泼尼松片等，能够抑制血管扩张，降低血管的通透性，可用于炎症性肠病的治疗，但需注意其副作用和依赖性问题。
药物使用时应在医生的指导下使用，避免自行用药带来的风险。结肠炎的治疗不仅仅是药物治疗，还需要结合一般治疗如饮食调整、休息等和前沿治疗如粪便微生物移植等来综合施策。
