在医学上，甲胎蛋白（AFP）主要是用于恶性肿瘤检查、唐氏筛查、良性疾病检查、胎儿状况评估、其他肿瘤标志物等项目。
1、恶性肿瘤检查：甲胎蛋白在恶性肿瘤发作的时候，会有数值明显上升。特别是60%～70%的原发性肝癌患者AFP含量增高。其他肿瘤如睾丸癌、卵巢肿瘤、恶性畸胎瘤、胰腺癌、胃癌、肠癌、肺癌等患者AFP含量也可能增高。如果甲胎蛋白在短时间之内骤然上升，要高度怀疑原来存在的肿瘤可能出现复发的问题。
2、唐氏筛查：女性在怀孕中期进行唐氏综合征筛查的时候，会应用到甲胎蛋白的检测项目。如果胎儿存在开放性脊柱裂等神经管畸形，也会有甲胎蛋白的升高。
3、良性疾病检查：在良性的肝脏疾病如肝炎、肝硬化患者的血清当中，也可以出现甲胎蛋白升高的情况，但大多数良性疾病的甲胎蛋白水平，常常低于200μg/L或1000ug/L。良性肝病AFP含量增多通常是一过性的，持续2-3周。
4、胎儿状况评估：生理情况下，甲胎蛋白由新生的幼稚肝细胞分泌，胎儿的肝细胞没有发育（分化）完全，分泌的甲胎蛋白量很大，可通过脐带血进入母体血液中，所以妊娠期孕妇的甲胎蛋白会呈阳性。
5、其他肿瘤标志物：甲胎蛋白是血清学肿瘤标志物中的常规检测项目，具有很多重要的生理功能，如运输功能、作为生长调节因子的双向调节功能、免疫抑制、T淋巴细胞诱导凋亡等。
在检查过程中，医生会结合患者的具体情况和甲胎蛋白的具体数值，进行综合分析和判断。
