艾条中的中药末与艾条一起燃烧，形成药烟。通过对穴位或病变部位的药理作用，可以获得比简单艾条更显著的效果。但是，如果使用不当，艾条也会对人体产生一定的毒性反应。
有些药艾条含有雄黄，雄黄不仅具有燥湿、祛风、解毒的功效，还具有一定的毒性。古人说：“雄黄见火毒如砷。“硫化砷是雄黄的主要成分，在有氧条件下加热可形成气态的三氧化二砷。根据测定，每根药艾条含雄黄约123毫克。正常情况下，雄黄含杂质不超过10%，每根药艾条含纯雄黄不少于110.7毫克。每根药艾条燃烧时，可产生102.4毫克三氧化二砷。当空气中的含量超过0.3毫克时，三氧化二砷是一种对人体有不同程度毒害的剧毒物质。
使用过艾条的人可能有这样的经历或见解。有的患者或家属在艾灸治疗过程中出现咽痒、流泪、口干等症状，有的患者随后出现流口水、头痛、头晕、心悸、胸闷、疲劳、恶心、腹痛等严重症状，甚至出汗、呕吐、腹泻、腹泻、尿少、或血尿、皮肤苍白、发冷、肌肉疼痛等。症状是砷中毒，不管有多严重。
因此，在使用艾条时，必须注意良好的室内通风，选择不易吸入烟雾的地方，必要时戴防护口罩，艾灸后立即打开窗户通风，移动者立即起床离开烟雾环境；购买安全范围内含砷的合格艾条；连续使用艾条，禁止孕妇、儿童和过敏体质。一旦出现更严重的中毒症状，应立即去医院治疗。
