轻症的功能性胃肠病经过饮食方式的调整，改变不良因素的影响，是有可能自愈的；但是较重症的功能性胃肠病则无法自愈，通常需要经过专业的临床治疗来搭配相应的药物才能得到治愈。
1、轻症：轻症的功能性胃肠病患者一般可以通过合理调整自己的情绪，避免精神受到刺激及影响，同时合理调整作息，养成良好的饮食习惯，一段时间后是有可能自愈的。
2、重症：对于症状较为严重的功能性肠胃病患者，已经无法通过自身的调整达到缓解症状的目的，此时需要进行专业的治疗，在专业医生的指导下依据具体的病症进行对应的药物治疗；比如消化不良的患者需要服用促进胃动力的药物，如莫沙必利、伊托必利、多潘立酮等；腹泻，肠胃绞痛的患者服用进行胃肠道双向调节的药物，如马来酸曲美布汀等。
功能性胃肠病一般考虑是由于患者精神压力过大，情绪过度紧张等精神性疾病，与患者无法及时排解自己的情绪，造成患者胃肠道的植物神经系统的正常功能受到影响，引起胃肠道的异常。因此，患者平时还需要注意合理作息，良好饮食习惯，保持轻松、愉快的心情。
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