肠道菌群紊乱患者主要可使用以下药物治疗，第一种是益生菌制剂，如整肠生、金双歧等，也可使用益生元；第二种是止泻药、排便药、消化药等对症治疗药物；第三种是中药调节，有助于改善肠道功能，促进肠道菌群恢复平衡。
1、益生菌制剂
肠道菌群失调常用的益生菌制剂有整肠生、金双歧杆菌三联菌片、枯草二联杆菌活菌胶囊、乳酸菌素片等。双歧杆菌、乳酸菌等益生菌能抑制肠道有害菌，促进肠道微生态平衡。患者也可以选择使用益生元制剂，可以促进特定有益菌的生长增殖。
2、对症药物
肠道菌群紊乱的患者也可以根据不适症状进行适当的药物治疗，如蒙脱石散、洛哌丁胺等止泻药。如有消化不良症状，可适当使用多潘立酮、胃消食片、脾丸等帮助消化的药物。
3、中医药治疗
中医没有肠道菌群的概念，但通过综合征分化治疗，可以提高人体的免疫力，促进肠道功能的恢复，然后帮助肠道菌群恢复平衡。肠道菌群失衡患者常表现为腹泻、腹痛、便秘、消化不良、胀气等不适症状，经中药调理后也能有效改善。
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