初期肛瘘可以吃乳果糖口服溶液、蒙脱石散、头孢类抗生素或硝基咪唑类抗生素等药物进行治疗。
在临床上治疗肛瘘的药物，主要有以下几类：1、软化大便的药物，比如麻仁丸，比如乳果糖口服溶液或者舒泰清。因为大便如果很干燥，排便很困难，很容易引起肛瘘的发作。另外，在肛瘘发作过程中，如果大便干结也会引起疼痛的加重。2、止泻药，比如蒙脱石散，同样的道理在肛瘘发作过程中，腹泻会引起肛瘘症状的加重。3、抗生素，比如头孢类抗生素或者硝基咪唑类抗生素，临床上应用比较多的是头孢克肟，或者甲硝唑，或者奥硝唑，或者莫匹罗星软膏，或者夫西地酸乳膏等，具体药品使用请结合自身情况在专业医生指导下用药。
肛瘘发病初期有大量脓液，颜色为黄色、粘稠、粪便气味较重。随着病情的发展，脓液逐渐减少，时有时无，稀淡如水。如果患者过于疲劳，脓液会增多，粪便会流出。有时瘘管可以暂时闭合，但很快患者就会出现发烧、局部肿胀和疼痛。如果关闭的外口再次破裂，脓液流出后症状将逐渐消失，常见临床症状：1、脓液不断刺激肛门周围的皮肤，导致肛门潮湿和瘙痒；2、如果脓液积聚，引流不畅，就会出现肿胀和疼痛；3、当脓液积聚到一定程度时，瘘管破裂，脓液流出；4、肛瘘瘘口长期不愈，可以引起肛门直肠周围形成纤维化的瘢痕，引起大便排出困难。
肛瘘患者应注意不要吃辛辣刺激性食物，多吃新鲜蔬菜水果。便前和便后都可用温开水坐浴，以减轻疼痛，保持肛门周围清洁。
