牙根囊肿的形成原因通常是反复刺激、慢性感染或者先天发育异常。具体如下：
1、反复刺激：饮食习惯不良，喜欢吃质地较硬、刺激性较强的食物，反复的对牙根造成刺激，就有可能会导致局部组织增厚，形成囊肿。
2、慢性感染：平时不注意口腔卫生，大量的食物残渣残留在口腔内，对牙齿和牙龈造成刺激，就有可能会发生感染，如果不及时治疗，反复发作，炎性分泌物就会在牙根积聚，表现为局部有包块，一般还会伴有疼痛。
3、先天发育异常：在发育过程中有某些物质形成牙齿的上皮组织残留在颌骨内，也会引起这种情况，通常会逐渐增大。
另外，也有很少的部分是肿瘤细胞转移至牙根部位而引起的。由于原因不同，治疗方案也不一样，因此要及时去医院口腔科就诊，根据原因的不同在医生指导下采取相应的治疗措施。
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