停经40天B超看不到孕囊，还是需要进一步的进行相关检查明确是否存在异常。临床上比较常见的40天看不到孕囊，可能是月经周期长、宫外孕、生化妊娠等，建议就诊，谨遵医嘱，对症处理，具体如下:
1、月经周期长：排卵期错后怀孕时间短，因此会导致怀孕40天不能看到孕囊，没有出血腹痛症状的，可以在一周后复查B超，基本可以看到孕囊。如果平时月经周期不规律，还可以结合HCG值确定是否正常怀孕及下次B超检查的时间确定孕囊。
2、宫外孕：如果平时月经周期规律，但是有妇科炎症或者是流产史怀孕40天B超看不到孕囊应进一步的做抽血检查，看HCG是否翻倍正常，如果翻倍不明显，但是数值呈增长的趋势，则考虑宫外孕的可能性比较大，可能需手手术终止妊娠。
3、生化妊娠：生化妊娠的患者通常HCG值比较低，会伴有断断续续阴道出血的症状，B超检查宫内、宫外均未见到孕囊或者是包块，在出血结束后抽血检查HCG值恢复正常，则考虑生化妊娠，一般不需要特殊处理。
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