醋酸杆菌并不是真核生物，它属于原核生物，它具有原核生物的细胞结构，例如细胞壁、细胞膜、细胞质和核质等。
细胞壁位于醋酸杆菌细胞的最外层，包绕在细胞膜的周围，醋酸杆菌属于革兰阴性的细菌。醋酸杆菌的细胞壁具有保护细菌以及维持细菌菌体形态的作用，并能够发挥物质交换及致病性的作用。
细胞膜位于醋酸杆菌细胞壁的内侧，包裹着细胞质，具有物质转运、呼吸和分泌、生物合成、参与细菌分裂等多种作用。
醋酸杆菌细胞膜所包裹的胶装物质为细胞质，具有核糖体、质粒、胞质颗粒，含有染色体外的遗传物质。
核质是醋酸杆菌的遗传物质，醋酸杆菌的核质为单倍体，由单一的环状DNA分子反复回旋盘绕形成，序列较少，能够满足细菌的迅速生长繁殖。
醋酸杆菌能够将葡萄糖转换成醋酸，主要用于食醋的生产。
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